Năm 2007, Công an TP. Đà Nẵng khởi tố vụ án "Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân" (theo Khoản 1, Điều 258, Bộ luật hình sự). Cựu thiếu tá công an Đinh Công Sắt bị bắt về tội “rải truyền đơn và tố cáo sai sự thật nhằm hạ uy tín lãnh đạo Đà Nẵng”. Tiếp đó, trung tá Dương Tiến, trưởng đại diện Báo Công an TP.HCM tại Hà Nội và ông Nguyễn Phi Duy Linh cũng bị bắt. Cơ quan điều tra Công an TP. Đà Nẵng cho rằng tướng Trần Văn Thanh là người chủ mưu của vụ này, nên ông Thanh liền bị khởi tố khi ông đang giữ chức Chánh Thanh tra Bộ Công an.
“Truyền đơn” ở đây là các văn bản của Viện KSND TP.Đà Nẵng gửi Viện KSNDTC đề cập đến việc ông Nguyễn Bá Thanh nhận hối lộ của ông Phạm Minh Thông trong công trình cầu Sông Hàn và xây dựng đường Bắc Nam ở Đà Nẵng.
Tại phiên tòa sơ thẩm ngày 7-8-2009, Tòa xử vắng mặt tướng Trần Văn Thanh 18 tháng tù treo, các ông Nguyễn Phi Duy Linh bị phạt 36 tháng tù, Đinh Công Sắt 12 tháng tù treo. Riêng ông Dương Tiến 17 tháng 5 ngày tù, ngang với thời gian bị tạm giam nên được trả tự do ngay tại Tòa. Trừ ông Đinh Công Sắt được thả trước khi diễn ra phiên sơ thẩm, các bị cáo khác đều kháng nghị.
Tòa phúc thẩm y án với phiên sơ thẩm. Đối với trung tá Dương Tiến, mặc dù Tổng Biên tập Báo Công an TP.HCM có công văn khẳng định bài báo “Nguyên nhân nào một số công dân khiếu kiện gay gắt?" của ông Dương Tiến đăng ngày 10-5-2007 trên báo Công an TP.HCM không hề bị bất cứ tổ chức, cá nhân nào khiếu nại về nội dung, nhưng tòa vẫn không xem xét. Riêng đối với tướng Thanh, Viện phúc thẩm II Viện KSNDTC kháng nghị với Tòa phúc thẩm rằng tướng Thanh vô tội và đề nghị đình chỉ vụ án đối với ông, nhưng Tòa vẫn tuyên ông Thanh có tội, chỉ giảm án xuống còn 12 tháng tù treo, dù Tòa không đưa ra bằng chứng phạm tội nào.
Tướng Thanh và trung tá Tiến gửi đơn xin giám đốc thẩm. Viện KSNDTC kháng nghị giám đốc thẩm yêu cầu đình chỉ vụ án đối với tướng Thanh và tuyên bố ông vô tội. Tại phiên phúc thẩm xét xử lại ngày 22-6-2012, TANDTC tại Đà Nẵng chấp nhận một phần kháng nghị của Viện KSNDTC, tuyên miễn tội và đình chỉ vụ án đối với tướng Trần Văn Thanh, kèm theo lời kết luận là việc truy cứu trách nhiệm hình sự tướng Thanh là “đúng”, miễn tội là do đây là loại tội ít nghiêm trọng và hết thời hiệu truy cứu. Riêng trung tá Tiến thì không được xem xét.
Trên đây là tóm tắt sơ lược diễn biến của vụ án. Dư luận cho rằng, Vũ nhôm có vai trò rất quan trọng trong vụ này. Anh ta là cánh tay đắc lực của ông Nguyễn Bá Thanh trong việc đẩy ông Trần Văn Thanh ra khỏi thành phố Đà Nẵng và loại luôn ông ra khỏi ngành công an, vì với tư cách là Giám đốc Công an TP.Đà Nẵng, ông Trần Văn Thanh biết quá nhiều về các hoạt động ngầm ở Đà Nẵng dưới thời ông Nguyễn Bá Thanh.
Cách đây mấy tháng, tôi có viết một số stt trên facebook này đề cập đến mối quan hệ giữa Vũ nhôm và ông Nguyễn Bá Thanh, lúc ấy vẫn chưa ai dám động đến Vũ nhôm. Nhớ lại vụ án này, tôi có gọi điện cho tướng Trần Văn Thanh. Ông chỉ nói nhát gừng, bảo rằng không nên đề cập lại chuyện cũ ấy nữa. Từng làm Chánh thanh tra Bộ Công an, có lẽ ông hiểu những thế lực đáng gờm đang bảo kê cho Vũ nhôm, nên ông vẫn còn sợ.
Cho đến khi Vũ nhôm bị bắt. Hôm qua, một người bạn tôi ở Hà Nội gọi điện cho tôi, bảo anh vừa ngồi uống cà phê với tướng Thanh. Bạn tôi nói lại rằng ông ấy tuyên bố : Giờ thì không sợ nữa !